一般锦鲤鱼池过滤池里需要清理的部分就是沉淀池和物理过滤池。沉淀池和物理过滤池都可以周期性同时清理，可以以物理过滤池的情况作为参照。一般鱼池过滤池里的物理过滤滤材都是选用毛刷的，可以根据四季不同喂食量掌握毛刷的清洗时间周期。例如，夏季喂食较多，锦鲤排泄物就多，毛刷一周内就会比较脏，那么就可以在冲刷清理毛刷的时候排沉淀池的底水，而冬季水温低的时候喂食也就减少，毛刷两三周可能都不会很脏，这时就可以取平均值两周左右清洗一次。如果物理滤材采用过滤棉的话，那就比较直观了，脏了就洗，滤棉和底水的清理时间比可以定为3比2，即清洗3次物理过滤排两次沉淀池底水。
另外，可以在过滤池中，尤其是沉淀池和物理过滤池里养一些水生植物，这样可以有效降低水中氨氮含量，减少清洗次数，提高水质。
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