一直以来我国农药行业都存在一个巨大的问题，低端农药市场竞争太激烈，高端农药缺乏，也就是说我国对于新型高效农药品种研发创制力度过小，其实这是我国农药行业的大环境所决定的。
新农药创制是个风险性极高的科研项目。有国外机构数据显示，发现、开发和登记1个农药有效成分的平均成本达2.86亿美元，平均要筛选16万个化合物，从发现到上市平均消耗11.3年，这让众多农药创制工作者望而却步。刘长令教授却在国内创制基础薄弱的情况下，提出了“中间体衍生化方法”，把新农药复杂的创新过程简单化，大大提高了发现候选品种的效率和成功率，为解决新农药创新难度大这一世界公认难题提供了新路径。
在刘长令的带领下，他的团队也成了最勤奋的团队。5年时间，不足1千万元的经费，他用勤奋创造了科研界奇迹，发明了中国先进个具有世界知识产权的新农药品种??氟吗啉。
除了氟吗啉的发明，刘长令还带领团队开创了中国制定创制农药FAO标准的先河，并支撑起中国在该领域的产业地位和国际影响力。他和团队创造性地提出了新农药创制新技术“中间体衍生化方法”，把新农药复杂的创新过程简单化，大大提高了发现候选品种的效率和成功率，为新农药创提供了新路径。
在不到30年的时间里，刘长令团队从近3万个新化合物中筛选出60多个高活性化合物，并确认10多个化合物具有很好的工业化开发前景，其中氟吗啉、唑菌酯、丁香菌酯和唑胺菌酯4个已实现产业化，他也成为中国新农药科技在国际上实现突破的代表人物。
2016年，他又创新性地解决了农药领域中公认的重大科学难题：
中间体衍生化方法成功运用首例绿色杀菌剂丁香菌酯，获准农业部正式登记，这是我国先进获准正式登记的仅含碳氢氧三种元素的创制农药品种，解决了果树腐烂病防治难题，使得传统高毒砷制剂退出了历史舞台。
适时推出了兼防阔叶杂草和禾本科杂草的苯嘧草唑，与草甘膦混用可有效防除对草甘膦产生抗性的杂草，填补了空白。
历经3代结构的迭代升级，耗时10年，发明了结构新颖、毒性比食盐还低的嘧啶胺类候选绿色农药品种，成功破解了困扰国际科研人员半个世纪的高毒性问题，攻克了横亘于跨国公司面前的拦路虎，其效果显着优于同靶标主流药剂，具有市场上现有品种2-6倍的性价比优势，商业化前景广阔。
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