较新分析藏獒配种较好是自然交配，如果遇到由于公母獒体况相差较大，公獒胆小、性欲低，母獒神经类型强、过于神经质等情况。 导致公母獒间不能完成自然交配，就需要进行人工辅助交配。
先进点：神经类型强和神经质的母獒
兴奋性过高的母獒在配种前应戴上口笼或用绳绑上嘴，防止咬伤公獒；对于老而未交配过的母獒，长年不运动和触抚的母獒，通常表现特别神经质，在发情期也害怕公藏獒交配。
人工辅助交配时其皮肤特别敏感，由于阴门扩约肌和阴dao肌肉过度收缩，公獒阴jing很难插入完成射精，对于这样的獒只能在其情期配种前，向其阴门上部和左右两侧肌肉深部注入5ml 2%的普鲁卡因（但切忌直接注入阴dao，以免伤害公獒阴jing）。
待15～25min后，指检感到阴门扩约肌和阴dao肌不收缩后，再进行本交配种，这种方法不影响受胎率和产仔数。
第二点：公獒胆小或性欲较低
对于胆量小的公獒，一是将待配母獒放入公獒舍内，公獒在自己舍内一般情况下具有相对较高的性欲；二是先将公獒牵到非常安静的配种场内，然后将母獒牵入配种场，四周不要有人围观，这样就能顺利完成交配。
对于性欲较低的公獒，在配种前，令母獒站立不动，技术员牵拉公獒在母獒四周走动，并使其 嗅到发情母獒的特殊气味，等其对母獒感兴趣时，再牵拉公獒到母獒身边，在公獒舔母獒外阴时，将母獒慢慢拉走，以激起公獒的性欲。
等级选配 即按藏獒综合评定等级标准对与配公母犬进行等级评定，确定公母犬的等级后，再确定公母犬的配对或交配。通常公犬的评定等级应高于母犬，每世代主配公犬应达到特级，不低于一级，个别具备独特性能或特征母藏獒容许二级。公犬的等级按特级或一级要求，原因在于公犬影响面大。
保持血统 保持血统的意义在于保持以血统为特征的不同犬类型。据调查，藏獒有6种基本毛色，并各自在头形、嘴形、尾形、被毛分布、气质品位等方面具有特色。按血统选择公母犬交配，可以有效地把不同血统公母犬所具有的性状与特征集合在一起，创造出理想的藏獒个体，也可以把各血统藏獒所具备的优良性能和特征稳定下来并保持下去。
品质选配 这种交配方式是根据公母犬的品质对比而决定是否交配。即选取在性状表现、性能特征、气质表现以及与适应性有关的性状上相同或不相同的个体进行交配。根据与配公母犬在体型、外貌、体质、体尺以及毛色等方面的表现，有时可以进行同质交配，有时可以进行异质交配；有时可先同质、后异质；也可某几个性状上是同质，另外的性状上却可是异质。在决定毛色的染色体的同一位点上至少存在着6对等位基因，这些等位基因之间存在着显性、等显性、无显性等不同关系。
例如，黑色公犬交配红棕色母犬，后代有黑色、红棕色、巧克力色，呈无显性遗传。如果用红棕色公犬与黑色母犬交配，即反交，后代中除出现黑色与红棕色幼犬外，还会有狼青色个体出现。除纯黑色、四眼毛色犬外，其他如红棕色、杏黄色藏獒在幼小阶段都表现着色程度不同的青灰色胎毛，3月龄左右，胎毛逐渐退去，开始出现黄色或红棕色。判断足月小犬未来颜色最重要的部位是耳后的毛色。
根据耳后的毛色基本可以确定一生的毛色。在藏獒中所占比率较高的四眼毛色，虽然生来具有，但眉斑有大小，颜色有深浅。标准的四眼毛色应该为眉斑大而圆，斑缘整齐、清晰，颜色以红色较佳，黄色较好，白色四眼较差。
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