蜈蚣不像其他特种经济动物那样容易发生传染病，通常在人工饲养的情况下，也没有发生过大批死亡现象。如果蜈蚣饲养室内卫生条件不好、湿度过高或过低、饲料和饮水不卫生等，也会导致疾病发生。一旦发现了蜈蚣某种疾病，往往难以治好，所以必须以预防为主。饲养蜈蚣的卫生防疫主要包括饲养场、饲养房的环境卫生、食物卫生和环境防疫消毒。
１．环境卫生
蜈蚣对环境温度、湿度有一定要求。适宜的生长温度２５～３２℃，超过或低于适宜温度生长发育就会受到影响；低于２℃时，就必须采取保温措施。饲养室内较佳相对湿度为７５％～８０％，饲养土的较佳湿度为１５％～２０％，低于这样的湿度就应该洒水调节，否则会影响其生长发育。对蜈蚣饲养场内外要勤打扫，清除杂物和垃圾，不让病原微生物在这里滋生，保持经常性的清洁卫生。如卫生工作做不好，病原体滋生，很容易侵入到室内，影响蜈蚣的健康。蜈蚣饲养池要经常检查，保持清洁卫生，发现饲养池内有死亡的蜈蚣，应及时清除，并及时查明原因，给予处理。
２．食物卫生
这里讲的食物卫生包括饲料卫生和饮水卫生。因为蜈蚣的饲料来自小动物、肉末和谷物类，不管是哪种饲料，都必须新鲜。绝对不能喂腐败变质的饲料，以免引起疾病。在夏、秋季气温较高的时期，每天投食１次，每天晚上投的饲料，第二天早上一定要清理，把没吃完的饲料撤出，以免放在饲养池中时间长了发霉变质，蜈蚣吃了这些变质的饲料而引起疾病。另外，还要注意饮水卫生。水槽或水盘中的水要勤换，保持新鲜，不能饮放置时间较长的水，那样的水往往会有病原微生物滋生而使蜈蚣发生疾病。
３．防疫消毒
尽管蜈蚣饲养场的消毒工作不像养禽场那么严格，但必须要做好消毒工作。首先，清扫完毕后，应进行消毒，防止致病的细菌、病毒滋生。其次，对身上有病灶的死蜈蚣，应立即清除，并对死蜈蚣的窝进行清除，周围经过消毒后换上新的砖块或瓦片。定期对各种设施和工具进行消毒灭菌，并形成制度。
