根部腐烂有两种情况。一是栽培。土壤过于潮湿，可进行1次中耕，降低土壤温度，使用叶面喷雾、叶面肥提高植株抗性。二是病害。黄瓜根腐病的防护措施是以下几种。
(1)选用抗病品种，不同的黄瓜品种，其抗病性不一样，在选用品种时，除了要考虑产量和经济效益外，还应该作对比，选用抗病品种。这样能在一定程度上减少病害的发生，可以减少投入成本，间接提高效益;
(2)全方面的进行消毒杀菌。一是做好种子消毒工作，在播种前可用生物菌剂/立信菌王温汤浸种法(40～50℃的水中浸泡0.5～1小时)或使用浸种的方法(500克的生物菌剂/立信菌王500倍液浸种2小时)。上述两种方法都可以有效的防治黄瓜苗期病害。二是做好苗床土壤消毒工作，可使用死苗烂根一灌灵200倍液喷洒苗床土，可起到杀灭土传病菌的作用。
(3)发现病株以后及时处理，黄瓜幼苗发病以发病植株为中心，向四周扩展，故在发现病株以后应及时拔出带出棚外，并对植株处进行药剂处理。常用药剂有72.2%普力克600～800倍液、75%百菌清600倍液、58%甲霜灵锰锌500～600倍液进行喷雾或灌根。
