准备贮藏或远销的南瓜应取老熟果，采收标准为果皮坚硬，并显示出固有的色泽，瓜面布满蜡粉。采收时保留2-3厘米果柄，要采收开花后50-70天的成熟果进行贮藏。采收后要在室内或塑料棚中预贮，预贮温度24-27℃，预贮时间为二周左右。
通过预贮可促使瓜皮进一步硬化，瓜柄切口愈合，这样可以防治病菌入侵，从而减少贮藏中的烂果率。
贮藏堆放前地上先铺一层细沙，或地面垫5厘米厚稻草或麦秸，将老熟无损伤南瓜堆上，堆放时，保持南瓜朝着地面的方向向下，瓜蒂朝里瓜顶向外或圆锥形，每堆15-25个，大型瓜不要堆得太多，防止挤压，并有利于通风。
初秋夜间开窗换气，白天关闭遮阳，保持室内空气新鲜，干燥和凉爽，冬季关闭门窗防寒。分层贮藏，每层高度以5-6个瓜的高度为宜。堆放时要留出通道以便检查。竹木和角铁搭架，每层贮藏铺5厘米厚稻草或麦秸。
