想提高肉驴的生产性能，提高肉驴配种能力，会用到用胚胎移植技术，其中有一项是胚胎分割。胚胎分割就是用显微外科方法将胚胎分为两个或多个，目前已被广泛的应用于增加肉驴的胚胎来源，并且可以产生许多同卵双生后代。分割后的两个半胚，即使性别不明，也可移植给同一头受体肉驴，而不必担心造成异性孪生母犊不育现象。
肉驴胚胎分割前，一般均需先准备好空的透明带，然后将分割 后的胚胎细胞移入空的透明带内。肉驴分割后的两个半胚胎，还可以移植一枚，冷冻储存一牧，如果所移植的半胚获得一头公肉驴，肉驴及其它家畜改良就可进行半胚公驴的遗传性能测定，如果证明是先进个体，数年后将另一半胚胎解冻，移植成功就可以得到遗传性完全相同的孪生公肉驴。
胚胎分割的操作一般在显微镜下进行，Leitz显向操作仪是进行胚胎分割的较佳设备，这种操作仪实际上就是在显向镜上装上机械手，肉驴胚胎的固定入分割都是通过操纵机械手实现的。胚胎分割移植的应用对肉驴品种的改良、肉驴生产性能的提高都起到了一个至关重要的作用，胚胎分割移植技术已在各大肉牛、肉驴、肉羊养殖场中广泛应用。
