体表检查法
由表及里用眼睛直接从鱼体患病部位找出病原体或初步诊断出患病原。主要观察鱼体颜色及各部位有无充血、发炎、溃烂、粗糙、畸形、变色、黏液量和大型寄生虫，如锚头蚤等；或根据病鱼的症状来判断，如病毒细菌引起的鱼病。
检查的步骤
先检查体表（头部、眼睛、口腔、鳍、鳞片），再检查鳃部，最后检查内脏器官（肝、肠、鰾、性腺等），对于有疑点的部位取少量组织或黏液压片用显微镜检查。
显微镜检查法
肉眼不能看清的小型寄生虫需要用显微镜放大检查，有时并发几种疾病，究竟哪一种为主，也需要显微镜检查加以判断。体表和鳃部是鱼类发病的主要部位，一般作为显微镜检查的重点。用于检查的病鱼，一个鱼池至少要有3尾~5尾，较好是即将死亡的或刚死不久的鱼。用镊子刮取其皮肤、鳍、鳃部等外部器官的黏液，要加入纯净水，盖上玻片，稍稍压平，先用低倍镜检查，观察不清楚时再逐步调用高倍镜，记下观察到的寄生虫种类及数量。每一检查的部位均需要制2片~3片。刚开始接触鱼病时，不了解鱼病与寄生虫的关系，寄生虫少量存在对鱼的健康并不会带来很大影响，只有当寄生虫达到一定数量时才会生病、死亡，如车轮虫、斜管虫等小型寄生虫在中倍镜下检查，平均每一个视野有数十个以上，才会引起鱼病。
水质分析
在上述两种方法检查不出病因的情况下，应考虑水中是否存在有毒物质，需要对水进行化验，内容包括水温、溶解氧、氨氮硫化氢、酸碱度及亚硝酸盐等。还要检查水源及周围有无农田施肥等情况。除此之外，还要测定养殖水域的面积、水深、底质情况、拉网、有无敌害生物及有无水产动物寄生虫的中间寄主，周围有无水产动物寄生虫的终末寄主等。
现场检查
引起鱼病的原因很复杂，单纯检查鱼体不一定能找到真正的病因，如同医生一样，还需结合“问诊”。“问诊”应包括三方面：
（1）养殖的品种、苗种来源、规格大小、健康状况和放养密度等。
（2）池塘消毒以及日常防病所使用的药物和使用方法及投饵和施肥的种类、频率、饲料质量等。
（3）发病养殖池中鱼的活动情况，如游动、摄食等。发病过程中采取过的措施，包括患病种类、发病时间、病症与病情死亡时间、采取的措施与效果等。
通过这些依据和方法，确诊病情后，就要选择合适的药物有针对性地治疗。有时在同一养殖水体中同时出现几种病，即通常所说的并发症，在这种情况下，应根据发病的具体情况，首先对其中比较严重的一种疾病使用药物，使该种病病痊愈或好转后，再针对其余的疾病进行用药治疗。
