小瓜虫病化学药物防治
浸泡法：在发病季节用200ppm以上的福尔马林、淡水或3ppm以上的硫酸铜浸泡生产工具或养殖设施（包括水泥池）8小时以上，可以杀灭离体阶段的刺激隐核虫（海水小瓜虫），能有效防治刺激隐核虫的水平传播。
挂瓶杀虫法：晚上在网箱四周，用硫酸铜、硫酸亚铁合剂挂瓶，杀灭幼虫。
小瓜虫病中草药防治
内服法：（1）在刺激隐核虫病易发季节，连续投喂含雷丸、槟榔、乌梅和贯众的饲料（每种中草药含量为2克/公斤饲料）7天以上，可以起到有效的预防和治疗作用。（2）青蒿末拌饲投喂，用法用量按照说明书使用。
全池泼洒：在刺激隐核虫病易发季节，全池泼洒煮沸1小时的雷丸、槟榔、乌梅和贯众（每种中草药含量为1克/立方米水体），连续7天以上，可以起到有效的预防和治疗作用。
小瓜虫病生态防治
封闭式养殖条件下
换水法：在封闭式的水环境，如玻璃缸、养殖桶、水泥池、池塘或室内鱼池等，必须在刺激隐核虫病发生的早期进行大量换水，较好每日换水量达到3/5以上，连续2周。换水时水源要清洁无污染，进水口需要有过滤设备过滤掉杂鱼、虾和水草杂物，因为刺激隐核虫胞囊常常是随这些东西带进池塘的。
换池法：对于养在玻璃缸、养殖桶、水泥池、小水塘中的鱼苗和成鱼，可以根据其生活特性，采取“换池”方法防治刺激隐核虫病。该方法简单易行且效果显著，对工厂化养殖和水族馆的海水鱼类特别有效，且在水温24℃~32℃时都可采用。具体操作步骤：1.准备一个大小合适的容器(如玻璃缸、养殖桶、水泥池、小水塘等)，用200ppm以上的福尔马林、淡水或2ppm以上的硫酸铜浸泡8小时以上，然后换入干净的养殖用水；2.将被刺激隐核虫感染的鱼移入处理干净的容器中暂养，同时对原来的养殖池进行消毒处理（方法同1）；3.水温24℃~32℃时暂养2天后再将鱼移入另一个事先处理干净的容器（如果温度低于24℃，暂养时间增加1天~2天），同时对原来的养殖容器进行消毒处理（方法同1）；暂养2天后再重复步骤3；2天后检查鱼体表和鳃，如发现寄生虫完全脱落，就可以把鱼放入原池中正常养殖。
开放式养殖条件下
在开放式的水体，如海水网箱养殖，可将刚开始发病网箱拖到水体流动较好、清洁的海区暂养，可以大大缓解刺激隐核虫病的危害。所以在设计和制作网箱时一定要考虑如下因素：一是网箱的密度要适宜，不能超过该水域的养殖承载能力；二是网箱的排列要科学，保证水体的流动交换；三是网箱要容易拆分，一旦发病能及时把网箱拖移到水环境好的地方；四是有条件时，清除网箱养殖区底部的沉积物，铲除病虫滋生温床。
