生态养殖中应采取以下方法充分利用自然资源。
(1)充分利用水资源
湖泊网围养鱼是一种节能、节水、节地、节材的新型渔业生产方式，与池塘养鱼相比，它的优点：一是可以直接利用天然水面，节约土地资源；二是利用水体交换快的优势，节约了人工增氧的费用，降低了养殖成本；三是由于淡水水体水质优良，减少了鱼类的疾病，提高了水产品的质量。与大湖放养相比，其优越性是可控性强，能自放、自养、自捕，可以提高渔民经营渔业的积极性，引导渔民从天然捕捞转变为养殖经营，从而减轻因过度捕捞造成的对鱼类资源的破坏。尤其是它能对草食性鱼类的放养和捕捞实施有计划的控制，避免了过量放养草食性鱼类对湖泊生态系统的破坏。网围养鱼通过就地捞水草饲喂，能有效地提高湖泊的光能利用率，降低养鱼成本，而且又可将湖中的营养物质取出，降低湖泊的营养负荷，从而可以延缓湖泊富营养化的进程。
(2)充分利用土地空间资源
以江苏某农户充分利用自然资源结合养殖禽、蚯蚓、蘑菇、鱼为例，首先是一地二用，共笼养鸡300多只，把笼安装在离地0.67米高的空中，使鸡笼通风透气，阳光充足。鸡粪发酵处理后放在鸡笼下饲养蚯蚓，解决鸡、鸭的动物蛋白质饲料。另外，在鸡笼上面搭葡萄架，共节省葡萄占地面积340平方米。其次是一水两用，利用屋后一条河和承包的水池放养鸭子，河塘上空搭葡萄架。最后是一料三用，该农民除用鸡粪养蚯蚓外，还把剩余鸡粪喂养了22头猪，用猪粪种蘑菇、产沼气，用沼肥养鱼，充分利用了土地和空间资源。
(3)充分利用当地自然资源
一是要考虑种植业、林业、畜牧业、渔业等综合协调发展；二是考虑各种群之间在时间和空间上相互作用以及能量物质转化循环效率，这样既高效充分地利用了自然资源，又确保较高的环境质量。在水体生态养殖中把水体生产力与提高湖泊光能利用率联系起来，通过种植水生植物充分利用水、土、空间和阳光等自然资源，最大限度地提高湖泊的原生产力，实现以湖养湖，以种植促进养殖，渔农并茂，为多目标地开发利用湖泊淡水资源创造条件。
