鞭毛虫多寄生于肠道，主要症状为粪便呈稀水样、黏液状、果冻状并夹杂有未消化的食物。
1、抗细菌感染。喂服硫酸庆大霉素可溶性粉，每500克体重每天用量10毫克（以庆大霉素计）。或注射硫酸庆大霉素、阿莫西林、氟苯尼考、恩诺沙星等药物。
2、治疗。口服：喂服甲硝唑或替硝唑，每500克体重每天用量10毫克。注射：腹腔注射甲硝唑、替硝唑葡萄糖注射液。疗程：7-10日。
3、护理。饲喂易消化的食物，提供3%-5%的葡萄糖溶液让龟饮用，保证饲养温度28-32℃和适宜的湿度。适量补充多维多矿，以增强机体的抗病能力。
1、症状：打喷嚏、流鼻涕、嗜睡、经常用前肢挠眼睛、鼻塞、不愿下水等，也偶有吐黏液，严重时会食欲减退或废绝。
2、治疗：一包999感冒灵对龟浸泡，一包一斤水，加温至26℃，一天一次，一次4小时，连续6天左右。如果在抗病毒用药三天后病情不好转反而加重，可以喂服青霉素类、头孢类、大环内酯类药物。
3、护理：提供28-30℃的恒温环境和适宜温度，多提供饮水，食量补充维生素。体质好的个体在1-3天后会有好转甚至康复，多数个体在5-9天或14天后也会完全康复。
1、症状：龟苗患水霉病初期已经能从水中看出来，此时水中摸起来有一层滑的丝状物，病情严重时，龟体全部被水霉菌覆盖，行动迟缓，食欲减退、甚至拒食，影响正常发育。
2、治疗
（1）轻刷法去除水霉：如果病龟苗数量较少，可用柔软的刷子轻刷龟苗体表，帮助其去除体表水霉。
（2）聚维酮碘溶液消毒：浓度为5%的聚维酮碘溶液稀释于1000-1500毫升水中，再把病龟苗放进稀释溶液中，浸泡10-15分钟，连续6天。
（3）盐酸金霉素粉消毒：将金霉素粉放入清水中，搅拌均匀使清水颜色变成淡黄色，再把患病龟苗放进淡黄色溶液中，浸泡15-30分钟，连续使用此法一星期，可有效去除水霉。
（4）小苏打+食盐溶液消毒：在1000毫升清水中加入2-4克小苏打和2-4克食盐，充分搅拌溶液后，把病龟苗放进溶液里浸泡5分钟后转用清水饲养，连续用5天。
（5）晒太阳：病龟苗患病程度较轻时，可在早上9点左右和下午4-5点放在室外晒一晒太阳，注意不能让太阳直射，亦不能在太阳最猛烈的时候晒太阳。晒太阳一星期左右，患病龟苗体表的水霉会自动消退，连续15天。
