一是完善养殖证制度。为加快渔业权物权化进程，农业部2003年印发《关于完善水域滩涂养殖证制度试行方案》。在具体执行中，一些地方将养殖证发给水域所属的村，也有一些地方直接将养殖使用证发给养殖者。目前，完善水域滩涂养殖确权制度，应本着稳定养殖承包经营权，调动经营主体投入的积极性的原则，将养殖证直接发放给养殖者，以稳定和完善渔业基本经营制度。
二是创新捕捞许可制度。捕捞权的表现形式就是捕捞许可证。我国长期实行捕捞许可证制度，但随着资源紧张和竞争加剧，捕捞权益受损害的现象也屡见不鲜。严格执行渔船、主机功率“双控”制度，加强船网等主要生产要素监管，切实控制捕捞强度：建立注册验船师队伍，强化渔船检验和报废制度；积极探索市场经济条件下捕捞配额管理的有效机制和途径。
三是保护重要渔业水域资源，控制征用或占用规模，制定水域滩涂征用或占用补偿办法，妥善安置渔(农)民，保障渔(农)民合法权益。对一些涉水项目损害渔业权的情况，应给予渔业权人合法的补偿，涉水项目必须经过环评论证。一些地方参照土地承包经营权确定的补偿办法和标准制定出台了渔业水域占用补偿实施办法，在这方面已经探索出新路。
