在连续种植西甜瓜的地块中，往往存在较多的尖镰孢菌，尖镰孢菌会从西甜瓜的根部伤口或根毛顶端细胞侵入，进入植株维管束，在植株的导管内生长、发育、繁衍、积聚，堵塞导管，并分泌毒素引起植株枯萎死亡。由于病菌分散在土壤中，用药物泼撒或喷施很难将它们全部杀死。用高温蒸汽或杀菌药剂熏蒸消毒虽然能有效杀灭病菌，但成本极高，生产上很少应用，到目前为止尚未有价廉高效的药剂。
水旱轮作可减轻枯萎病的发生，如无法轮作，则可利用尖镰孢菌的专一性(不同种类的菌株感染葫芦科的不同种或属)，采取嫁接换根的方法。西瓜、黄瓜用葫芦、黑籽南瓜、瓠瓜等作砧木进行嫁接栽培，已被广泛应用于生产;而甜瓜则缺少与接穗亲和性好、抗性强，且对接穗甜瓜风味影响不大的理想砧木。日本、台湾研发的一些甜瓜嫁接砧木也存在某些不足，且尚未见大批量嫁接栽培的报导。新疆农科院哈密瓜研究中心在这项研究工作上处于国内领先地位。
