微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物，个体微小，结构简单，通常要用光学显微镜和电子显微镜放大约1000倍才能看到，但也有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝等。微生物千姿百态，它们为了自己的生存与繁衍在以自己特有的方式存在着。可能你从没有看见过微生物，但是你可知道，牛奶是怎么变坏的？美酒是如何酿成的？吃下去的食物是如何消化吸收的？田里的秸秆残茬又是怎么变得面目全非，甚至不见踪影的？这些都是微生物的功劳。
土壤中微生物的种类较多，有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很大，1克土壤中就有几亿到几百亿个。大部分土壤微生物对作物生长发育是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响，当然也有那么些不被人喜欢的致病微生物。正是有了土壤微生物的默默耕耘，大地才会有春华秋实的生生不息。那么微生物在土壤中都干些啥呢?
在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。土壤微生物与植物根部营养有密切关系。
为了充分开发微生物（特别是细菌）资源，1994年美国发起了微生物基因组研究计划(MGP)。通过研究完整的基因组信息开发和利用微生物重要的功能基因，不仅能够加深对微生物的致病机制、重要代谢和调控机制的认识，更能在此基础上发展一系列与我们的生活密切相关的基因工程产品，包括：接种用的疫苗、治疗用的新药、诊断试剂和应用于工农业生产的各种酶制剂等等。
通过基因工程方法的改造，促进新型菌株的构建和传统菌株的改造，全面促进微生物工业时代的来临。到那时，土壤不再是黑箱，而是一个可以看得见的、摸得着的系统，在许多年以来土壤微生物学家所面临诸多问题就可以解决了。土壤管理者可根据实际情况，通过各种措施，有目的的调理土壤微生物数目和种类，制定农业生产措施；也可以根据土壤微生物客观条件制定耕作制度。通过改进施肥、栽培制度、人为引入有益的土壤微生物等措施，来恢复原有的微生物群落或增加某些功能，从而抑制作物土传病菌、提高土壤微生物多样性，有助于土壤生态肥力的提高，从根本上防治作物土传病害、连作障碍。人类对微生物功能的利用将更能“随心所欲”了。
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